Begonnen hat die Geschichte der Kirche und der Pfarrei St. Marien im Jahr 1907. Damals wurde die Gastwirtschaft Römerhof an der Römerstrasse 103 von den Winterthurer Katholiken gekauft mit dem Ziel, darin regelmässig Gottesdienst zu feiern. Erster Gottesdienst am 1. Adventssonntag 1907. Ausserdem wurde der erste Pfarreiverein gegründet, der Männerverein.
- 1935 wurde der Römerhof zu einer richtigen Kirche umgebaut. Dazu wurde ein Pfarrsaal errichtet. Ebenfalls in diesem Jahr wurden die Schaaner Schwestern zur Unterstützung der Seelsorge nach Oberwinterthur geholt.
- 1957 Umbau der Kirche, Aufzug und Weihe der Glocken
- 1962-1964 2. Vatikanisches Konzil.
- 1963 Anerkennung der katholischen Kirche als Landeskirche im Kanton Zürich
- 1967 Anbau eines Pfarreiheims an den Saal. Grund: Neben den grossen Vereinen waren auch zahlreiche kleine Gruppen mit dem Bedürfnis nach Versammlungsraum entstanden. Professioneller Religionsunterricht wurde mithilfe der Steuergelder in grösserem Rahmen möglich.
- 1963-1996 Josef Rüttimann, Pfarrer von St. Marien
- 1997 Rückzug der Schaaner Schwestern, Georg Vogel wird erster Gemeindeleiter von St.Marien.
- 2003-2004 Umbau, Renovation und Anbau zum heutigen Kirchlichen Begegnungszentrum für fast 2 Mio. SFR.
- 2007 100-Jahre-Jubiläum mit dem Motto "Gemeinsam weitergehen", Einweihung der Lebensecke in der Kirche
- 2011 Renovation und sanfter Umbau des Pfarrhauses
- 2012 Einweihung des Begegnungsgartens
